Zu den sichtbaren Merkmalen des Morbus Fabry zählt ein purpurroter Hautausschlag (sog. Angiokeratome). Dabei handelt es sich um rötlich-violette Hautflecke, deren Größe von einem Stecknadelkopf bis zu mehreren Millimetern reicht und die sich in der Regel diffus am Gesäß, an den Lenden, um den Nabel herum und auf den Oberschenkeln verteilen (Badehosenbereich). Sie können sich aber auch auf der Innenseite der Lippen oder an den Händen befinden. Die Zahl der Angiokeratome und ihre Auffälligkeit kann von Patient zu Patient stark variieren.

Augenveränderungen durch die GL-3 Ablagerungen treten bei fast allen Fabry-Patienten bereits frühzeitig auf. Besonders charakteristisch sind Trübungen der Hornhaut durch winzige feine Ablagerungen, die ein ähnliches Muster wie Speichen in einem Rad haben (Cornea verticillata). Dieses Merkmal findet man fast durchgängig bei den betroffenen Männern, aber auch bei 70-90 % der Frauen. Mit bloßem Auge sind die Veränderungen allerdings nicht zu erkennen. Es muss eine spezielle augenärztliche Untersuchung mit der Spaltlampe erfolgen. Darüber hinaus können bei Fabry-Patienten auch Linsentrübungen auftreten (sog. Fabry-Katarakte).

Mit zunehmendem Lebensalter kommt es in der Niere zu ausgeprägten GL-3 Ablagerungen. Bei männlichen Fabry-Patienten steht die Nierenbeteiligung klinisch ganz im Vordergrund des Krankheitsverlaufs. Unbehandelt erleidet die Mehrzahl der männlichen Patienten mit zunehmendem Alter eine Nierenschwäche. Erstes Anzeichen einer Nierenbeteiligung ist eine erhöhte Eiweißausscheidung im Urin (sog. Proteinurie), die ab dem 20. Lebensjahr nachweisbar ist und mit zunehmendem Alter stetig zunimmt. Bei unbehandelten männlichen Patienten endet dieser Prozess häufig im Nierenversagen und die Betroffenen müssen an die Dialyse oder transplantiert werden. Es gibt auch Patienten mit einer sog. Nierenvariante, die außer der Nierenschädigung so gut wie keine weiteren Merkmale der Fabry-Erkrankung aufweisen.

Sowohl das zentrale (Gehirn und Rückenmark) als auch das periphere (Nerven wie z.B. der Ischiasnerv) Nervensystem sind beim Morbus Fabry betroffen. Typische Symtome sind: Nervenschmerzen: Brennende Schmerzen in Händen oder Füßen (sog. Akroparästhesien) sind meistens die ersten Beschwerden bei Morbus Fabry und treten bei etwa 80 % der Patienten bereits im Alter zwischen 5 und 10 Jahren auf. Typisch sind auch Missempfindungen wie Taubheit, Kribbeln oder Ameisenlaufen. Zum Teil haben schon Kleinkinder anfallartig heftig brennende Schmerzen in Händen und Füßen, die oft von fieberhaften Infekten begleitet werden. Die Schmerzen können wenige Minuten bis zu mehrere Tage anhalten. Oft werden diese so genannten "Fabry-Krisen" durch Infektionen, körperliche Belastung, Müdigkeit oder Stress ausgelöst. Auch Wetterveränderungen können eine Rolle spielen. In seltenen Fällen haben Fabry-Patienten auch ständig brennende Schmerzen oder Missempfindungen in Händen und Füßen. Im Erwachsenenalter verringern sich bei vielen Patienten die Schmerzen oder sie verschwinden ganz. Möglicherweise ist dies ein Gewöhnungseffekt. Wahrscheinlicher ist jedoch, dass mit zunehmender Krankheitsdauer die Nervenfasern so stark geschädigt sind, dass Schmerzsignale gar nicht mehr vollständig weiter geleitet werden.