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Das KMT-Zentrum am UKM hat als bundesweit erste Einrichtung die sog. JACIE-Zertifizierung erhalten. Dieses Qualitätssiegel zertifiziert den europaweit höchsten Standard, den ein KMT-Zentrum erreichen kann. Darüber hinaus ist die pädiatrische Abteilung als Teil der Klinik für pädiatrische Hämatologie und Onkologie vom TÜV Rheinland nach DIN ISO zertifiziert.